Если нам нужно пустить весь трафик через прокси (например, на виртуальной машине), то заходим "Профиль/Правила проксификации..." и выбираем нужный нам прокси.

Если через прокси нужно пустить лишь некоторые программы, то надо добавить правила в разделе Профиль/Правила проксификации.
Как правило, достаточно указать имя исполняемого файла, которому нужен прокси.
В некоторых случаях нужно будет прописать имена всех процессов программы, например, для webisida, правило будет такое