Существует много способов сделать флешку в системе NTFS в Windows XP, тут я расскажу о трёх способах без использования сторонних программ, только средствами Windows. Способы работают также в Windows 2003.

Способ 1 - самый простой и доступный.
Нажимаем Пуск/Выполнить
Вводим cmd, в командной строке набираем convert F: /FS:NTFS /NoSecurity /X
Вместо F: укажите букву вашей флешки.
Имеющие данные на флешке не уничтожаются, но резервную копию сделать желательно.
На самом деле в этом способе происходит не форматирование, а конвертация имеющейся файловой системы на флешке (например FAT или FAT32) в файловую систему NTFS.
Если же ваша флешка не форматирована или вам хочется именно отформатировать а не конвертировать флешку, то тогда вам пригодится

Способ 2 - не менее простой и доступный )
Нажимаем Пуск/Выполнить
Вводим cmd, в командной строке набираем format F: /FS:NTFS
Вместо F: укажите букву вашей флешки.
Имеющие данные на флешке уничтожаются, поэтому предварительно сохраните все данные с флешки.
Этим способом можно отформатировать флешку не только в NTFS, но и в файловую систему exFAT, поддержка которой есть Windows XP SP3, Windows 2003, Windows Vista, Windows 7 и выше.

Способ 3 - для тех, кому лень что-то там набирать в командной строке, а проще поклацать мышкой )
Вставляем обречённую флешку в компьютер, открываем Мой компьютер, находим свою флешку, клацаем по значку флешки правой кнопкой мыши и выбираем свойства. Переходим на вкладку Оборудование. Находим свою флешку, дважды клацаем по ней и переходим на вкладку Политика. Видим, что точка стоит возле верхней опции Оптимизировать для быстрого удаления, ставим точку на опцию Оптимизировать для выполнения и жмем кнопку ОК. Теперь если мы попытаемся отформатировать нашу флешку, то увидим, что в списке доступных файловых систем появилась NTFS. Форматируем и, при необходимости, переставляем опцию на значение Оптимизировать для быстрого удаления.

Примечания:

Будьте предельно осторожны при выборе устройства для форматирования, и не отформатируйте случайно не тот диск, который надо!

Перед форматированием обязательно сделайте копию всех данных с флешки!

Не форматируйте (не преобразовывайте) вашу флешку в NTFS, если вы её используете (или собираетесь использовать) в качестве загрузочной!
Надеюсь данные советы помогут вам отформатировать флешку в файловую систему NTFS без использования сторонних программ и не потерять свои данные на флешке.

Хотел плюсануть в карму за хороший и полезный совет, а оказалось, что у меня ещё нет такого права. Жаль!